“双重领导”港口体制一直是我国港口的主要管理模式。这种港口管理体制形成于20世纪80年代中期。1984年以前，全国38个主要港口(沿海13个港口、长江25个港口)均由交通部直接管理，其中长江25个港口与中国长江轮船总公司为港航一体化的部属企业。1987年以后，除沿海的秦皇岛港为交通部直属港口外，其他均改为“交通部与地方政府双重领导，以地方管理为主”的港口管理体制，长江港航管理体制从原来的港航合一转变为港航分管。这样就形成了中央政府领导港口、交通部和地方政府“双重领导”港口和地方政府领导港口三种类型。
“双重领导”港口管理模式曾对我国港口在数量和规模上的迅速发展起到过积极的推动作用。但由于外部经济环境以及港口管理等许多方面的条件因素都发生了变化，现行的“双重领导”港口体制已不适应社会主义市场经济的要求，其存在的问题主要有：
①“双重领导”港口以地方管理为主，地方政府仅负责港口主要领导干部的任命和管理，其他方面都以交通部管理为主。这种体制难以发挥地方政府按国家统一规划以及法律、法规建设和管理港口的积极性。②“双重领导”港口作为“政企合一”的单位，主要从事港口经营业务，但又具有部分“政”的职能。作为港政管理部门，缺乏行政管理的权威。作为港口企业，又受到太多的行政干预，有时还会利用“政”的权利保护自身的经营利益，难以按现代企业制度的要求独立走向市场，造成港口的行政管理薄弱，港口市场体系难以规范有序发展。③现行的港口体制由于政府投资、港务局垄断经营，港口国有资产的产权归属不清，权责不明。因此，必须构建新的港口管理体制，使港口管理具有履行统一政令、公正履行行政管理的职能和促进公平竞争的职责，使港口企业独立走向市场。
港口管理体制是影响和制约物流港口发展的重要因素。为进一步搞活港口经营，促进港口物流发展，使港口更好地为国民经济满足社会经济活动的需要服务，政府对现行港口管理体制进行了一系列改革。2001年10月8日由国家经贸委、财政部、中央企业工委三家联合下发的《关于深化中央直属和双重领导港口管理体制改革的意见》，在这方面进行了有益的探索。意见主要内容如下：
第一，将现由中央管理的秦皇岛港以及中央与地方政府双重领导的港口全部下放地方管理。港口下放后原则上交由港口所在城市人民政府管理;需要由省级人民政府管理的，由省级人民政府按照“一港一政”的原则自行确定管理形式。港口下放后，实行政企分开，港口企业不再承担行政管理职能，并按照建立现代企业制度的要求，进一步深化企业内部改革，成为自主经营、自负盈亏的法人实体。
第二，改革港口现行的计划、财政管理体制。计划管理，由现行中央计划管理改为地方财政管理，由“以港养港、以收抵支”改为“收支两条线”，取消港口企业定额上缴、以收报支的办法，同时按照国家税收管理有关规定征缴港口企业所得税。港口下放后，在保证中央必要的港口建设费用支出的前提下，适当提高各港港口建设费的留成比例。同时，地方人民政府应多方筹措港口建设资金，制定有利于港口发展的政策，为我国港口发展创造良好的条件。
第三，逐步放开理货市场，进一步规范理货业务。为保证理货的公正性，促进理货质量的不断提高，港口理货要引入竞争机制，每个港口可先设立两家以上理货企业。将各港外轮理货公司从港口企业中分离出来，作为独立的企业法人，自主经营。将中国外轮理货总公司向各港外轮理货公司收取管理费的方式改为持有各港外轮理货公司一定的股份，具体比例由交通部组织中国外轮理货总公司与港口企业共同协商确定后，报财政部办理相关的股权确认及产权变更手续。
第四，改革引航管理体制。沿海港口的引航机构作为向各码头靠泊船舶提供引航服务的单位，应从港口企业中分离出来。
第五，在港航公安管理体制全面改革之前，港口公安管理暂维持现状，其所需经费仍由港口企业营业外列支和财政拨付事业费的办法解决。
2001年11月，国务院办公厅转发了三部委的意见(国办发〔2001〕91号文件)，中央各有关部委和地方人民政府按照国办文件要求，稳妥地推进了港口管理体制改革工作。
38个原中央直属和双重领导港口已于2002年上半年全部下放地方，随后在地方人民政府领导下积极稳妥地推进港口政企分开工作。到目前为止，绝大多数港口的政企分开工作已基本完成，新的港口管理体制已经初步形成。
港口管理体制改革的关键有两个方面的主要内容：一是政企分开，建立和形成符合国际惯例的、具有中国特色的新港口管理体制;二是建立现代企业制度，使港口企业充满生机和活力。港口管理体制改革要有利于改善和加强政府对港口行政管理的职能，形成以间接管理为主的宏观调控体系;有利于调动和发挥中央和地方各级政府对港口建设与管理的积极性;有利于深化国有港口企业改革，增强港口企业的活力和促进港口的发展;有利于培养和发展港口运输市场，充分发挥市场机制对运输资源的基础性作用等原则。
2003年6月29日，全国人大常委会制定颁发的《港口法》以法律形式确立了新的港口管理体制的基本框架。其核心就是：政企分开，多家经营;“一港一政”，统一管理。也就是说，交通部作为中央政府行政主管部门，对全国港口实行统一行政管理，负责制定全国港口行业的规划，按有关规定调控岸线资源的合理利用，对大中型港口建设项目提出行业审查意见，制定港口行业发展政策和法规，并实施监督;省级人民政府交通(港口)主管部门负责本行政区域内港口的行政管理工作;省级或港口所在城市人民政府港口主管部门按照“一港一政”的原则依法对港口实行统一的行政管理;港口企业作为独立的市场主体，依法从事经营。
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