1.出口退税改革对港口物流业的影响
我国从2004年1月1日开始执行新的出口退税政策。这次改革使出口综合退税率从15%下降到12%，下降了3个百分点。出口退税率平均水平下降，虽然可能会间接影响港口吞吐量的增长，但影响的程度不会太大。因为出口增量虽然减少了，但进口增量的增加能够抵消部分负面影响;从港口吞吐货物结构来看，外贸货物吞吐量只占港口货物吞吐量的30%。另外，港口主要货源如煤炭等主要以内贸为主，石油及制品等货种以进口货物为主，出口比例较小;从港口的供求状况来看，目前我国港口码头供给能力仍不能满足需求的增长，出口增速的下降可以从一定程度上缓解码头吞吐量超饱和的状态，但不能从根本上解决港口供给结构性矛盾。
2.关税与配额变动对港口物流业的影响
根据我国签订的《入世议定书》中有关关税减让承诺，2002年我国的关税总水平为12.7%，2003年则降至11.5%，2004年要降到10.6%，到2008年降为10%。关税总水平的持续下降，将对我国对外贸易量，特别是对国内外价格差距较大的部分商品，如汽车、成品油等的贸易量发生较大影响，从而对港口物流业发展产生重要影响。2003年取消了汽车关键零部件的配额，但整车进口在配额和关税双重限制下，该年进口车仍呈大幅上升势头。全年共进口各类汽车整车(含成套散件)172683辆，同比增长34.6%。其中，进口小轿车103017辆，同比增长46.4%。2005年整车配额取消，2006年整车关税最终降至25%。2004年1月1日我国取消了成品油的进口配额。2004年国内豆油的关税配额从2003年的260万吨增加到311.8万吨。在进口配额限制下的食用油进口税率2004年降到9%。由于这些产品的国内价格高于国际价格，关税下降与配额增加或者取消能够极大地刺激这些产品的进口。进口的增加对提高港口的货物周转量有积极作用。
3.“自由港”政策的可能性及其影响
自由港又称“自由口岸”，是设在一国国境之内、海关管理关卡以外的允许外国货物、资金自由进出的港口区。进出港区的货物免征关税，准许在港区内进行改装、加工、长期储存或销售等业务活动。只有当货物转移到自由港所在国的课税地区时，才需缴纳关税。目前我国已有多个城市提出要建设自由港，并争取成为国际枢纽港。深圳在2003年7月谨慎地提出，要把深圳盐田保税区转型为自由港;同年11月上海首次公开宣布要把洋山港建设成为自由港，并已提出建设自由港的十项主张;随后，厦门、天津、宁波、大连等城市也都跃跃欲试。自由港的特点是扩展保税区，采取低税过境、出口退税、外汇自由支付等政策，同时实行更加开放的企业准入制度，让港口在手续上简化，在港口资本运作上体现市场化。目前，由于我国没有自由港，很多货物运输都是从韩国的釜山、日本的神户中转，既增加了成本，还减少了收益。据估算，港口运输收入每100元中，至少有40元被这两个中转港口获得，因而发展自由港自然成为我国很多沿海港口的迫切要求。尽管我国尚未正式出台“自由港”政策，但实际上，政府相关职能部门自2003年以来的一些动作已经为“自由港”政策的出台打下了良好的基础。如铁道部已经制定了修建10条直达港口的快速货运线路计划，交通部制定了《港口法》和港口保安计划，海关也进行了通关制度改革，国家环保局加大力度执行港口建设中的环保相关规定。这些都为自由港改制创造了良好的基础条件。
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