根据系统分析的基本含义，物流系统分析的主要内容有系统目标、系统的结构、替代方案、费用和效益、系统模型、系统的优化、系统评价准则及评价等。在这里，我们结合物流系统状况，仅从下面几个方面来介绍物流系统分析的内容。
系统的目标既是建立系统的依据，又是系统分析的出发点。只有正确地把握和理解系统的目标和要求，才能为进一步的分析奠定基础，才能使所建系统达到预期的目的。因此，物流系统目标的确定也是一个非常重要的问题，它是建立物流系统或改进物流系统过程中难度最大的一个步骤。目标不明确，系统分析就无从着手。由于物流系统的特性，决定了物流系统目标的多元性和多层次性，这就增加了物流系统目标确定的困难程度。
关于物流系统目标的问题，有人将其定义为“从最低的成本选择对物品做适时、适地的运送”。实际上，如果按这个目标来建立物流系统，几乎是不可能的。因为要做到适时、适地的运送，必须以最佳的服务和最佳的销售为前提，这就需要有大量的存货、先进的运输工具和优良的物流设施，必然会造成成本的增加;而最低的物流费用要求低廉的运费、最少的储存及尽可能低的其他物流费用等，这样必定降低了物流系统的服务质量。因此，最佳的服务和最低的费用这两者同时满足是难以实现的。
所以，物流系统目标应是建立在合适的仓储设施、零售店、工厂、存货水平、运输方式，以及其他物流环节的规模和情报信息处理系统的基础上，使物流部门在提供某一服务水平下的收益与物流费用达到适度的平衡，或相匹配，也就是以尽可能少的物流费用支出获得最大限度地满足各种需要的服务水平。
物流系统的目标还可用物流系统的输人与输出的比例来表示。
物流系统的基本输出是为顾客服务。作为物流系统服务性的衡量标准，可以列举如下:
(1)对用户的订货能很快地进行配送。
(2)接受用户的订货时商品的在库率高。
(3)在运送中交通事故以及货物损伤、丢失和发送错误少。
(4)保管中货物的变质、丢失、破坏现象少。
(5)具有能很好地实现运送、保管功能的包装。
(6)装卸搬运功能能满足运送和保管的要求。
(7)能提供保障物流活动流畅进行的物流情报系统，能够及时反馈信息。
(8)合理的流通加工，以保证生产费、物流费之和最少，以及减少或消除对环境的不良影响。
物流系统的输人是输送、储存、搬运、装卸、物流情报、物流加工等环节所消耗的劳务、设备、材料等资源，这些都构成了物流费用(成本)。
对于一个物流系统的效益评价，必然是以系统的输出效果与输人成本相比较为依据的。
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